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由于壳聚糖及其衍生物的应用日益广泛，因此其安全性也引起了人们的普遍关注。对于壳聚糖的安全性，已进行过多方面的研究，这些研究涉及急性毒性试验、亚急性毒性试验、致畸性和致癌性试验、皮肤一次性刺激性实验、皮肤累积刺激性试验、毒性试验、皮肤过敏试验、眼镜刺激性试验、皮肤吸收性试验等。据相关资料介绍，壳聚糖对根霉菌、枯草芽孢杆菌、白色念珠球菌等有很好的抑制效果，其小抑菌浓度分别为0.0125%、0.043%、0.043%。此外，对假单孢菌、嗜热脂肪芽孢杆菌、大肠杆菌和毛霉菌也有较好的抑制作用，对金黄色葡萄糖菌、沙门氏菌、副溶血弧菌、肠链杆菌也有一定的抑制作用。